Italiano

Contenuti
Nozioni di base di informatica. Definizione del concetto di bioinformatica e biologia computazionale. Necessità dei sistemi informativi per raccogliere ed interpretare dati provenienti dalle scienze omiche (genomica, proteomica emetabolomica). Banche dati primarie, secondarie e relazionali. La banca dati Pubmed per la ricerca di articoli scientifici; parole chiavi che si possono usare per la ricerca; come fare ricerche incrociate e come interpretare i risultati ottenuti. Esempi pratici di ricerche su Pubmed ed interpretazione dei risultati. Banca dati EMBL per la ricerca di sequenze nucleotidiche; interpretazione dei risultati ed esempi pratici di ricerche. Banca dati Uniprot per la ricerca di sequenze proteiche; interpretazione dei risultati ed esempi pratici di ricerche. Banche dati PDB-PDBsum-CATH per la ricerca di strutture proteiche e la loro topologia strutturale; interpretazione dei risultati ed esempi pratici di ricerche. Utilizzo di programmi quali DAVID e PANTHER per l’analisi della funzione molecolare e dei pathway nei quali proteine di interesse possono essere coinvolte; esempi pratici di ricerche ed interpretazione dei risultati.
Concetti di base di reti di interazione tra dati clinici, geni, proteine e metaboliti ed esempi pratici di programmi online che permettono lo studio di queste interazioni come ad esempio il programma STRING.
Approcci computazionali per il modellamento della struttura di proteine mediante tecniche di modellamento comparativo, riconoscimento del fold e folding ab-initio. Esempi pratici di utilizzo ad esempio del programma SwissModel. Modellamento di complessi proteici; metodi di docking molecolare ed esempi pratici.
Nozioni di base per l’analisi di dati genomici provenienti da studi di microarray o Next Generation Sequencing.

Testi di riferimento
Durante il corso il docente distribuirà materiale didattico (quali copia delle diapositive o dispense scritte negli anni dal docente) che gli studenti potranno usare per studiare

Obiettivi formativi
Il Corso introduce lo studente alla comprensione di sistemi informativi e programmi di ricerca ed analisi dati che possono consentirgli una integrazione nei laboratori di ricerca. Inoltre lo studente ha la possibilità anche di poter applicare tali metodi nell’ambito della preparazione della tesi di Laurea.

Prerequisiti
Lo Studente che accede al corso di SISTEMI INFORMATIVI IN LABORATORIO E LABORATORIO DI INFORMATICA deve aver seguito i corsi di chimica, biochimica, biologia molecolare ed informatica generale per l’acquisizione di nozioni propedeutiche che gli consentiranno di raggiungere un’adeguata preparazione per il superamento della prova d’esame.

Metodologie Didattiche
Il Corso sarà svolto mediante lezioni frontali mediante l’ausilio di materiale informatico che prevedono anche la dimostrazione pratica dell’utilizzo di programmi in rete.

Metodi di valutazione
Esame scritto. Durante il corso è prevista almeno una prova in itinere, basata su un questionario che comprende domande a risposta aperta e domande a risposta multipla, che può consentire una autovalutazione da parte degli studi del loro studio e della comprensione degli argomenti studiati e da parte del docente di quali sono gli argomenti sui quali è necessario porre maggiore attenzione per migliorare l’offerta formativa.

Italian

Contents
Basics of computer science. Definition of the concept of bioinformatics and computational biology. Need for information systems to collect and interpret data from the omic sciences (genomics, proteomics, hemetabolomics). Primary, secondary and relational databases. The Pubmed database for researching scientific articles; keywords that can be used for the search; how to do cross-searches and how to interpret the results obtained. Practical examples of Pubmed research and interpretation of results. EMBL database for the research of nucleotide sequences; interpretation of results and practical examples of research. Uniprot database for the search for protein sequences; interpretation of results and practical examples of research. PDB-PDBsum-CATH databases for the search for protein structures and their structural topology; interpretation of results and practical examples of research. Use of programs such as DAVID and PANTHER for the analysis of molecular function and pathways in which proteins of interest may be involved; practical examples of research and interpretation of results.
Basic concepts of networks of interaction between clinical data, genes, proteins and metabolites and practical examples of online programs that allow the study of these interactions such as the STRING program.
Computational approaches for modeling the protein structure using comparative modeling techniques, fold recognition and ab-initio folding. Practical examples of use, for example, of the SwissModel program. Modeling of protein complexes; molecular docking methods and practical examples.
Basics for the analysis of genomic data from microarray or Next Generation Sequencing studies.

Reference texts
During the course the teacher will distribute teaching materials (such as a copy of the slides or handouts written by the teacher over the years) that students can use to study

Educational goals
The course introduces the student to the understanding of information systems and programs of research and data analysis that can allow an integration in the research laboratories. In addition, the student can also apply these methods in the preparation of the degree thesis.

Prerequisites
The student who accesses the course of INFORMATION SYSTEMS IN THE LABORATORY AND LABORATORY OF INFORMATICA must have followed the courses in chemistry, biochemistry, molecular biology and general informatics for the acquisition of introductory notions that will enable him to reach an adequate preparation for overcoming the exam test.

Didactic Methodologies
The course will be held through lectures with the help of computer equipment that also provide for the practical demonstration of the use of programs on the net.

Evaluation methods
Written test. During the course there will be at least one in itinere test, based on a questionnaire that includes open-ended questions and multiple choice questions, which may allow a self-assessment by the studies of their study and the understanding of the topics studied and by the teacher what are the topics on which it is necessary to pay more attention to improve the training offer.